Durante el año 2013 se aprobó el término anticipado de SACOR SpA. y de ENACAR S.A., actualmente en procesos de liquidación. Junto a lo anterior, por Ley N° 20.693 se puso término a la existencia de EMAZA, empresa en la cual el SEP, sin ejercer evaluación de su gestión, designaba a los miembros de su consejo.

En el mes de agosto de 2013 ingresó al Congreso Nacional un nuevo proyecto de ley que introduce perfeccionamientos en los regímenes de gobierno corporativo de las empresas del Estado y de aquellas en que éste tenga participación, el cual vino a reemplazar uno presentado el año 2008. Dicho proyecto tiene por objeto regular la forma en que el Estado, sus organismos e instituciones controlarán la gestión de sus empresas, además de dotar al SEP de una institucionalidad propia y establecer un marco estatutario general aplicable a las empresas del sector estatal. Durante el último trimestre del año 2014 se conformó un equipo de trabajo que se encuentra actualmente abocado a revisar y estudiar los proyectos de ley presentados con anterioridad, y preparar un nuevo proyecto que permita en el corto plazo contar con la nueva institucionalidad señalada.

Durante el 2013 el SEP participó activamente en los procesos de licitación para la entrega en concesión de infraestructura portuaria realizados por las Empresas Portuarias Iquique, Antofagasta, Puerto Montt, Chacabuco y Austral.

Para el año 2012, en relación con la ley de Presupuestos, el SEP y la Empresa Nacional de Aeronáutica – ENAER suscribieron un convenio de programación para que esa empresa pudiera acceder a la garantía del Estado.

En abril del año 2011, la Subsecretaría de Transportes del Ministerio de Transporte y Telecomunicaciones dictó la Circular N° 16, que encomienda al SEP la función de emitir una opinión previa sobre las solicitudes de modificación de los recintos portuarios de las Empresas Portuarias Estatales, indicando si el área cuya modificación se pretende es o no necesaria para la operación portuaria, y/o si no está destinada o puede destinarse al atraque de naves y a la movilización de sus cargas, pasajeros y/o tripulantes. Para fines de 2011 se inician las evaluaciones a los Directorios de las empresas del sistema, dando origen en mayo de 2012 al lanzamiento de las Guías de Gobierno Corporativo, que más tarde pasarían a formar parte del Código SEP.

En junio del año 2009, el Fisco de Chile y CORFO, autorizados por la ley Nº 20.309 de 2008, crearon la sociedad anónima Casa de Moneda de Chile S.A., correspondiéndole al SEP la administración de los derechos y acciones que CORFO posee en esa empresa.

En marzo del año 2008 fue lanzado el Código SEP, documento elaborado con el objeto de establecer en un cuerpo armónico y sistemático el conjunto de normativas y políticas de gestión emanadas del SEP para las empresas sujetas a su evaluación de gestión.

En su función de enajenación de activos de CORFO, durante el año 2007 el SEP realizó 3 opciones de compra de pertenencias mineras de hierro y carbón, lo que junto a los royalties por contratos de arrendamiento de pertenencias mineras de litio y potasio en el Salar de Atacama, generaron beneficios a CORFO por US $ 21 millones.

En noviembre del año 2006 fueron presentados a la opinión pública los libros elaborados por el SEP, “Modernización Portuaria en Chile Bitácora 1998 – 2005” y “La Modernización del Sector Sanitario en Chile”

En mayo del año 2003 se dictaron los Decretos con Fuerza de Ley Nºs 22, 23, 24 y 25, que modificaron, respectivamente, las disposiciones en materia de composición e integración de los Directorios de las empresas Correos de Chile, EMAZA, EFE y de las diez Empresas Portuarias Estatales, facultando al Consejo de CORFO, quien a su vez delegó en el SEP, la facultad de designar a los integrantes de los Directorios de esas empresas.

En diciembre del año 2002, se dictó la Ley Nº 19.847 que faculta al Presidente de la República para otorgar la garantía del Estado a los créditos que contraigan o a los bonos que emitan las empresas del sector público hasta la cantidad de US $ 1.500.- millones o su equivalente en otras monedas extranjeras o en moneda nacional. Para acceder a dicha garantía las empresas debían suscribir previamente con el SEP un “Convenio de Programación” que especifique los objetivos y los resultados esperados de su operación y programas de inversiones. El SEP debe entregar al Presidente de la República y al Congreso Nacional, en el mes de mayo de cada año, un informe de gestión sobre el desempeño económico y financiero de las empresas en que tiene injerencia y, para aquellas sujetas a Convenios de Programación, una evaluación específica de su grado de cumplimiento.

En julio del año 2001, se crea el Sistema de Empresas – SEP (continuador legal del SAE) como un organismo técnico asesor del Estado con relación a la evaluación de la gestión de empresas del sector estatal. Se estableció la estructura actual del Consejo Directivo del SEP y se le impuso la obligación de confeccionar y presentar una Memoria Anual al Presidente de la República y a los Presidentes del Senado y de la Cámara de Diputados, acerca de las actividades y resultados de las empresas en que tenga injerencia.

El Decreto Supremo N° 104 de 2001, del Ministerio de Transporte y Telecomunicaciones (reemplazado por el actual Decreto Supremo N° 96 de 2013) que aprueba el Reglamento para la elaboración de los Planes de Gestión Anual – PGA de las Empresas Portuarias Estatales encomienda al SEP diversas atribuciones en la definición y eventual modificación de los indicadores de dichos instrumentos.

También en el año 2001, el Presidente de la República, junto a los Ministros de Economía, Fomento y Reconstrucción y Secretario General de la Presidencia, dictaron el Decreto Supremo Nº 113, que faculta al SEP para, previo requerimiento, asesorar a esas autoridades en los nombramientos y remociones que deban realizar en los Directorios de empresas estatales.

CORFO dispuso que el SAE habría de servir al Estado como organismo técnico asesor con relación a la evaluación de la gestión de empresas del sector estatal que se relacionen con el Gobierno a través de los distintos Ministerios, en tanto fuese requerido para ello.

A la luz de lo anterior, los Ministerios de Hacienda; Obras Públicas, Transportes y Telecomunicaciones; Economía, Fomento y Turismo; y, Secretaría General de Gobierno solicitaron a CORFO la asesoría del SAE en relación a la evaluación de la gestión de las diez (10) Empresas Portuarias Estatales; de la Empresa de los Ferrocarriles del Estado - EFE y de la Empresa de Correos de Chile.

Por su parte, mediante Decreto Supremo Nº 943, de los Ministerios de Hacienda, Economía, Fomento y Reconstrucción, Obras Públicas, Transportes y Telecomunicaciones y de Secretaría General de Gobierno, se dispuso que CORFO, a través del SAE, debía prestar asesoría técnica al Ministerio de Hacienda en la evaluación de la gestión y desempeño de la administración de las empresas del Estado y de aquellas en que éste o sus organismos tuviesen una participación mayoritaria. Además, el SAE debía prestar asesoría técnica al Ministerio de Transportes y Telecomunicaciones para el cumplimiento de las funciones que las leyes establecen respecto de las empresas que se relacionan con el gobierno a través de esa Secretaría de Estado.

En el año 1997 la Corporación de Fomento de la Producción - CORFO creó el Comité Sistema Administrador de Empresas – SAE con el objeto de separar la función de fomento de la producción, propia de CORFO, de aquella relativa a la administración de empresas.