El Sistema de Empresas es liderado un Director Ejecutivo que depende del Consejo Directivo. Bajo la Dirección Ejecutiva se encuentran la Dirección Corporativa, Fiscalía y la Jefatura Administrativa.

Los miembros del Consejo Directivo son destacados expertos que están trabajando por en dotar al SEP de la mejor estructura organizacional, con el propósito de afrontar exitosamente los nuevos desafíos que se definieron para este año.

El Consejo Directivo está formado por nueve integrantes, cuyo Presidente es designado por el Presidente de la República. El resto del directorio está integrado por ocho consejeros: Dos de ellos nombrados por el Presidente de la República; Dos designados por el Ministro de Hacienda; uno, nombrado por el Ministro de Economía y tres, por el Vicepresidente de CORFO, de los cuales dos de ellos podrán ser propuestos, uno por el Ministro de Minería y el otro por el Ministro de Transportes y Telecomunicaciones.